Japania kirjoitetaan kolmen eri kirjoitusmerkistön avulla, jotka ovat kiinalaiset kanjimerkit 漢字 sekä kanjien pohjalta kehitetyt hiragana- (ひらがな) ja katakana-tavumerkit (カタカナ). Hiragana ja katakana ovat siis ne "aidot ja oikeat" japanilaiset kirjaimet ja kanjit taasen lainaa Kiinasta. Tämän lisäksi käytetään myös meidän kirjaimistoamme eli ローマ字:a, esimerkiksi mainoksissa visuaalisena keinona.

Hiragana ja katakana ovat molemmat tavumerkistöjä, joissa yksi merkki vastaa yhtä äännettä. Ne on kehitetty kanjien pohjalta. Kanjit eli "kiinalaiset kirjoitusmerkit" taikka "Han-merkit" eroavat näistä siinä, että jokaisella kanjilla on oma merkityksensä eli yksi merkki vastaa yhtä sanaa, ideaa tai käsitettä. Yleistäen voisi sanoa, että kanjeilla kirjoitetaan substantiivit sekä verbien ja adjektiivien vartalot, hiraganalla partikkelit ja verbien sekä adjektiivien päätteet (joita kutsutaan nimellä 送りがな, "saatava kana") ja katakanalla lainasanat, kuten ulkomaiset nimet ja muista kielistä kuin kiinasta japaniin omaksutut sanat, sekä onomatopoeiat ja useat kasvien ja eläinten nimet. Numerot voidaan kirjoittaa joko kanjein (一二三四五六) tai romajilla (123456), mutta arabialaiset numerot ovat nykyään ehkä yleisempiä. Poikkeuksena suuret luvut, esimerkiksi 千万 eli 10 000 000 tai 京 eli 10 000 000 000 000 000, jotka siis kirjoitetaan sattuneesta syystä mielellään kanjeilla.

Kaikkia näitä kolmea eri järjestelmää voidaan käyttää yhdessä lauseessa sekaisin, esimerkiksi näin:"Minä olen Silja" ~「私はシリヤです。」　Sana 私 on kirjoitettu kanjilla eli tuo merkki tarkoittaa itsessään "minä". シリヤ on taas kirjoitettu katakanalla. Koska nimeni ei ole japania tai japanilaisperäinen, se tulkitaan lainasanaksi ja kirjoitetaan katakanalla. Lauseesta löytyy myös hiraganalla kirjoitettuja kohtia:は ja です.

Japania voidaan kirjoittaa joko vasemmalta oikealle alkaen vasemmasta ylänurkasta tai sitten perinteiseen tapaan ylhäältä alas oikeasta ylänurkasta alkaen. Näillä sivuilla käytän meille tuttua vasemmalta oikealle-järjestelmää, kuten suurin osa täysin japanin kielisistäkin nettisivuista. Perinteiseen tapaan ylhäältä alas kirjoitetaan mm. romaanit ja runot. Tästä johtuen kirjoja myös luetaan meidän näkemyksemme mukaan "lopusta alkuun". "Väärinpäin" lukusuunta pätee myös sarjakuviin eli 漫画:an.